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Rで混合モデル (R Advent Calendar 2013 16日目)

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R Advent Calendar 2013の16日目です.「Rと同位体分析: siarパッケージの紹介」の内容を文章にして,補足情報を載せました. 背景生態学の分野では,ある生物がさまざまな食資源をそれぞれどのくらいの割合で摂取しているかを知ることが,重要な研究課題の…

統計ソフトの言及数推移

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学術文献における統計解析ソフトの言及数を,最近の約10年間で年ごとに調べてみました.方法Google Scholarを利用して,以下の検索クエリを含む学術文献数 (概算) を,2000年から2012年までの期間で取得した.得られた数値は,R,Bioconductor,SPSS,Excel …

irisの正体 (R Advent Calendar 2012 6日目)

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R Advent Calendar 2012の6日目です. Rのデータセットでもっとも有名なのが,irisではないでしょうか.FisherもしくはAndersonのアヤメの計測データですね.しかし,有名なわりには,このデータセットの正体はそれほどよく知られていないように思います (私…

Rで密度推定

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ヒストグラムとカーネル密度推定についてすごく簡単にまとめました.Kashiwa.R#4で発表する内容を文章にしたものです. 使用するデータセットまずここでは,faithful データセットの,eruption を例に用います. イエローストーン国立公園にあるOld Faithful…

カテゴリカルデータの解析 (その2)

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その1からのつづきです. 変数間の関係性を調べる集計したカテゴリカルデータを解析する方法を紹介します.独立性の検定「変数のあいだに関連性があるか」を調べる検定です. 先に紹介したArthritisで,処置と改善度合いのあいだに関連性があるかを調べてみ…

カテゴリカルデータの解析 (その1)

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カテゴリカルデータの解析「アンケート」などに代表されるカテゴリカルデータの解析法についてざっとまとめました.Kashiwa.R#3で発表する内容を文章にしたものです. 内容のほぼすべては,『カテゴリカルデータ解析 (Rで学ぶデータサイエンス 1)』 藤井良宜…

クラス・メソッド・総称的関数

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クラス (class) 構造をもつオブジェクトで,クラス属性 (class attribute) という文字列がひとつまたは複数登録されている.Rの関数が返すオブジェクトはたいてい何らかのクラスに属し,特定の構造をもっている.また,特定のクラスオブジェクトを引数にとれ…

言語オブジェクト

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Rの言語オブジェクトについてまとめてみました. 『Rプログラミングマニュアル』(間瀬茂, 2007年, 数理工学社) を参考にしました. 言語としてのRの基礎や,豊富な役立つtipsが載っており,とても参考になる本です. 言語オブジェクト型Rの言語オブジェクト…

環境 (その2)

R

Rの環境について,2回に分けてまとめました. 第1回目は,環境全般とスコープ規則についてでした. 第2回目は,環境を操作する関数について. なお,『Rプログラミングマニュアル』(間瀬茂, 2007年, 数理工学社) を参考にしました. 言語としてのRの基礎や,…

環境 (その1)

R

Rの環境について,2回に分けてまとめます. 第1回目は,環境全般とスコープ規則について. 第2回目は,環境を操作する関数についての予定. なお,『Rプログラミングマニュアル』(間瀬茂, 2007年, 数理工学社) を参考にしました. 言語としてのRの基礎や,豊…

abcのABC (R Advent Calendar 2011 11日目)

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近似ベイズ計算 (ABC: Approximate Bayesian Computation) に基づいたパラメータ推定のできるパッケージabcを紹介します.ABCとはABCは,尤度関数の計算が不可能・困難なときに,尤度関数を求めることなく事後分布を推定できる手法です.比較的新しい手法で…

カテゴリカル変数に対するロジスティック回帰分析

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カテゴリカル変数を目的変数にとったロジスティック回帰分析についてまとめてみます. 主に『カテゴリカルデータ解析 (Rで学ぶデータサイエンス 1)』 藤井良宜 2010年 共立出版 の第6章を参考にしました.ロジスティック回帰分析とはカテゴリカル変数として…

ループのスピードアップ

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Rのループを (しかたなく) 使うときに. このあたりのエントリを参考にしました. Another aspect of speeding up loops in R (me nugget) How to speed up loops in R (Revolutions) 例1のように,まわすたびにオブジェクトのサイズが変わっていくようなル…

行列の各要素ごとに異なる引数を与えて,同じ関数を適用

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applyを使って,行列の行や列ごとに,異なる引数を与えて同じ関数を適用したいときの方法です. まずこんな行列を作成 > (xx <- t(array(1:12, dim = c(4, 3)))) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 2 3 4 [2,] 5 6 7 8 [3,] 9 10 11 12 > 列ごとに異なる引数を与え…

3次元のデータをグラフにする

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3次元のベクトルで表されるデータをグラフ化する方法について,いくつかまとめてみました.使用するデータvolcanoRに組み込まれているデータセットで,Maunga Whau山の標高データだそうです.10m * 10mのグリッドで,87rowと61columnからなります.rowは東か…

確率密度関数の生成

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正規分布を例に,Rで確率密度関数を生成してみます. まずは準備 > N <- 100 # 各系列の長さ > mean <- 0; sd <- 0.5 # 分布のパラメータ > x <- ppoints(N) # 0から1までの100分位点 確率密度関数の作成とグラフ化 > y <- qnorm(x, mean, sd) # 分布を x : …

write によるテキストファイルへの書き出し

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以下のようなデータを書き出したいとします. > aaa [,1] [,2] [,3] [1,] 0.1 0.2 0.3 [2,] 0.4 0.5 0.6 [3,] 0.7 0.8 0.9 >write.table だと,余計なラベルが加わってしまいますが, # write.table(aaa, "test1.txt", quote = FALSE) を実行 V1 V2 V3 1 0.1…

scan によるテキストデータの読み込み

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以下のようなデータを読み込みたいとします. # test.txt X1 X2 X3 X4 1 0.3 0.2 0.2 0.4 2 0.5 0.1 0.2 0.2 3 0.1 0.3 0.2 0.1write.table で書きだしたときのような形式ですね. read.table だと,list型で読み込まれてしまいますが, > x <- read.table("…

ベクトル中の特定の成分の添字を取得する

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ベクトル,行列,配列中に含まれる特定の成分の添字を取得したいときは,which を使用します. > aaa <- 0:9 > bbb <- rep(0:4, 2) > > which(aaa == 2) [1] 3 > > which(bbb == 2) [1] 3 8 > > which(bbb == 2)[1] [1] 3 >こんなふうに. - 参考 なるほど機…

グラフの余白の調整

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Rで,グラフの余白を調整したいときに使うパラメータについて. 以下の3つをとりあえずおさえておけば,ひとつの画像ファイルに一枚のグラフを出力する操作であれば,かなり自由に調整が可能だと思う. 1. omd (par() を使って変更) グラフ用ウィンドウの…

pasteで作成した言語オブジェクトに値を代入

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paste関数を使用して作成した文字列に,値を代入する方法です.ふつうに代入しようとしてもエラーになりますが, > paste("who", "are", "you", sep = "") <- 31 以下にエラー paste("who", "are", "you", sep = "") <- 31 : 付値対象は非言語オブジェクトに…

データフレームのサブセットごとに関数を適用

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applyファミリーの関数(applyとかmapplyとか)を使えば,forを使わないで,ベクターやデータフレームの行や列の要素ごとに関数を適用できる.では,データフレームにサブセットがあって,サブセットそれぞれの行や列の要素ごとに関数を適用したいときはどう…

expression で特殊な文字をグラフに出力する

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特殊な文字列をグラフに出力する際には,expression 関数が使える. 軸ラベルやtextの文字列として出力したい時には,例えば以下のようにする. plot(…, xlab = expression(paste(delta^{13}, "C (‰)")) delta はギリシャ文字のδを出す記号(大文字で書けば…

Mac OS でのグラフ作成時の文字化け修正

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Mac OS X 10.6 (Mac Book Air) にインストールしたRでグラフを作成すると,日本語が文字化けを起こしていた. 解決法をみつけたのでメモしておく.青木先生の R - 事始め の方法を試したらうまくいった. RjpWikiの R2.7.0,Macintosh版でのグラフィック表示…