R Advent Calendar 2013の16日目です．「Rと同位体分析: siarパッケージの紹介」の内容を文章にして，補足情報を載せました． 背景生態学の分野では，ある生物がさまざまな食資源をそれぞれどのくらいの割合で摂取しているかを知ることが，重要な研究課題の…
学術文献における統計解析ソフトの言及数を，最近の約10年間で年ごとに調べてみました．方法Google Scholarを利用して，以下の検索クエリを含む学術文献数 (概算) を，2000年から2012年までの期間で取得した．得られた数値は，R，Bioconductor，SPSS，Excel …
R Advent Calendar 2012の6日目です． Rのデータセットでもっとも有名なのが，irisではないでしょうか．FisherもしくはAndersonのアヤメの計測データですね．しかし，有名なわりには，このデータセットの正体はそれほどよく知られていないように思います (私…
以下のエントリと記事がかぶっていたので，消しました．(2012.12.06) http://d.hatena.ne.jp/tsutatsutatsuta/20121206/1354737461
ヒストグラムとカーネル密度推定についてすごく簡単にまとめました．Kashiwa.R#4で発表する内容を文章にしたものです． 使用するデータセットまずここでは，faithful データセットの，eruption を例に用います． イエローストーン国立公園にあるOld Faithful…
その1からのつづきです． 変数間の関係性を調べる集計したカテゴリカルデータを解析する方法を紹介します．独立性の検定「変数のあいだに関連性があるか」を調べる検定です． 先に紹介したArthritisで，処置と改善度合いのあいだに関連性があるかを調べてみ…
カテゴリカルデータの解析「アンケート」などに代表されるカテゴリカルデータの解析法についてざっとまとめました．Kashiwa.R#3で発表する内容を文章にしたものです． 内容のほぼすべては，『カテゴリカルデータ解析 (Rで学ぶデータサイエンス 1)』 藤井良宜…
クラス (class) 構造をもつオブジェクトで，クラス属性 (class attribute) という文字列がひとつまたは複数登録されている．Rの関数が返すオブジェクトはたいてい何らかのクラスに属し，特定の構造をもっている．また，特定のクラスオブジェクトを引数にとれ…
Rの言語オブジェクトについてまとめてみました． 『Rプログラミングマニュアル』(間瀬茂, 2007年, 数理工学社) を参考にしました． 言語としてのRの基礎や，豊富な役立つtipsが載っており，とても参考になる本です． 言語オブジェクト型Rの言語オブジェクト…
Rの環境について，2回に分けてまとめました． 第1回目は，環境全般とスコープ規則についてでした． 第2回目は，環境を操作する関数について． なお，『Rプログラミングマニュアル』(間瀬茂, 2007年, 数理工学社) を参考にしました． 言語としてのRの基礎や，…
集団遺伝学の基礎について，授業の復習をメインにまとめてみます． 「適応進化遺伝学」テキストを参考にしています． 自分の学習用ですので，間違いなどあるかもしれません．遺伝的浮動1からのつづき有効集団サイズ遺伝的浮動に関係するのは，繁殖まできちん…
Rの環境について，2回に分けてまとめます． 第1回目は，環境全般とスコープ規則について． 第2回目は，環境を操作する関数についての予定． なお，『Rプログラミングマニュアル』(間瀬茂, 2007年, 数理工学社) を参考にしました． 言語としてのRの基礎や，豊…
集団遺伝学の基礎について，授業の復習をメインにまとめてみます． 「適応進化遺伝学」テキストを参考にしています． 自分の学習用ですので，間違いなどあるかもしれません． 遺伝的浮動集団の大きさが有限であれば，偶然の効果によるゆらぎの影響力が無視で…
集団遺伝学の基礎について，授業の復習をメインにまとめてみます． 「適応進化遺伝学」テキストを参考にしています． 自分の学習用ですので，間違いなどあるかもしれません． 遺伝的変異用語遺伝的変異 (genetic variation): 集団内で遺伝子に多様性があるこ…
近似ベイズ計算 (ABC: Approximate Bayesian Computation) に基づいたパラメータ推定のできるパッケージabcを紹介します．ABCとはABCは，尤度関数の計算が不可能・困難なときに，尤度関数を求めることなく事後分布を推定できる手法です．比較的新しい手法で…
カテゴリカル変数を目的変数にとったロジスティック回帰分析についてまとめてみます． 主に『カテゴリカルデータ解析 (Rで学ぶデータサイエンス 1)』 藤井良宜 2010年 共立出版 の第6章を参考にしました．ロジスティック回帰分析とはカテゴリカル変数として…
Rのループを (しかたなく) 使うときに． このあたりのエントリを参考にしました． Another aspect of speeding up loops in R (me nugget) How to speed up loops in R (Revolutions) 例1のように，まわすたびにオブジェクトのサイズが変わっていくようなル…
applyを使って，行列の行や列ごとに，異なる引数を与えて同じ関数を適用したいときの方法です． まずこんな行列を作成 > (xx <- t(array(1:12, dim = c(4, 3)))) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 2 3 4 [2,] 5 6 7 8 [3,] 9 10 11 12 > 列ごとに異なる引数を与え…
3次元のベクトルで表されるデータをグラフ化する方法について，いくつかまとめてみました．使用するデータvolcanoRに組み込まれているデータセットで，Maunga Whau山の標高データだそうです．10m * 10mのグリッドで，87rowと61columnからなります．rowは東か…
正規分布を例に，Rで確率密度関数を生成してみます． まずは準備 > N <- 100 # 各系列の長さ > mean <- 0; sd <- 0.5 # 分布のパラメータ > x <- ppoints(N) # 0から1までの100分位点 確率密度関数の作成とグラフ化 > y <- qnorm(x, mean, sd) # 分布を x : …
涌井良幸. 2009, 『道具としての ベイズ統計』, 日本実業出版社, 東京. を読んでの覚え書きです．私の勝手な解釈・誤植・間違いなどあるかと思いますので，参照される際は原典にあたることを強くおすすめします． ちなみに，私の読んだベイズ統計の入門書の…
以下のようなデータを書き出したいとします． > aaa [,1] [,2] [,3] [1,] 0.1 0.2 0.3 [2,] 0.4 0.5 0.6 [3,] 0.7 0.8 0.9 >write.table だと，余計なラベルが加わってしまいますが， # write.table(aaa, "test1.txt", quote = FALSE) を実行 V1 V2 V3 1 0.1…
以下のようなデータを読み込みたいとします． # test.txt X1 X2 X3 X4 1 0.3 0.2 0.2 0.4 2 0.5 0.1 0.2 0.2 3 0.1 0.3 0.2 0.1write.table で書きだしたときのような形式ですね． read.table だと，list型で読み込まれてしまいますが， > x <- read.table("…
ベクトル，行列，配列中に含まれる特定の成分の添字を取得したいときは，which を使用します． > aaa <- 0:9 > bbb <- rep(0:4, 2) > > which(aaa == 2) [1] 3 > > which(bbb == 2) [1] 3 8 > > which(bbb == 2)[1] [1] 3 >こんなふうに． - 参考 なるほど機…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
