2011-01-01から1年間の記事一覧
集団遺伝学の基礎について，授業の復習をメインにまとめてみます． 「適応進化遺伝学」テキストを参考にしています． 自分の学習用ですので，間違いなどあるかもしれません． 遺伝的浮動集団の大きさが有限であれば，偶然の効果によるゆらぎの影響力が無視で…
集団遺伝学の基礎について，授業の復習をメインにまとめてみます． 「適応進化遺伝学」テキストを参考にしています． 自分の学習用ですので，間違いなどあるかもしれません． 遺伝的変異用語遺伝的変異 (genetic variation): 集団内で遺伝子に多様性があるこ…
近似ベイズ計算 (ABC: Approximate Bayesian Computation) に基づいたパラメータ推定のできるパッケージabcを紹介します．ABCとはABCは，尤度関数の計算が不可能・困難なときに，尤度関数を求めることなく事後分布を推定できる手法です．比較的新しい手法で…
カテゴリカル変数を目的変数にとったロジスティック回帰分析についてまとめてみます． 主に『カテゴリカルデータ解析 (Rで学ぶデータサイエンス 1)』 藤井良宜 2010年 共立出版 の第6章を参考にしました．ロジスティック回帰分析とはカテゴリカル変数として…
Rのループを (しかたなく) 使うときに． このあたりのエントリを参考にしました． Another aspect of speeding up loops in R (me nugget) How to speed up loops in R (Revolutions) 例1のように，まわすたびにオブジェクトのサイズが変わっていくようなル…
applyを使って，行列の行や列ごとに，異なる引数を与えて同じ関数を適用したいときの方法です． まずこんな行列を作成 > (xx <- t(array(1:12, dim = c(4, 3)))) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 2 3 4 [2,] 5 6 7 8 [3,] 9 10 11 12 > 列ごとに異なる引数を与え…
3次元のベクトルで表されるデータをグラフ化する方法について，いくつかまとめてみました．使用するデータvolcanoRに組み込まれているデータセットで，Maunga Whau山の標高データだそうです．10m * 10mのグリッドで，87rowと61columnからなります．rowは東か…
正規分布を例に，Rで確率密度関数を生成してみます． まずは準備 > N <- 100 # 各系列の長さ > mean <- 0; sd <- 0.5 # 分布のパラメータ > x <- ppoints(N) # 0から1までの100分位点 確率密度関数の作成とグラフ化 > y <- qnorm(x, mean, sd) # 分布を x : …
涌井良幸. 2009, 『道具としての ベイズ統計』, 日本実業出版社, 東京. を読んでの覚え書きです．私の勝手な解釈・誤植・間違いなどあるかと思いますので，参照される際は原典にあたることを強くおすすめします． ちなみに，私の読んだベイズ統計の入門書の…
以下のようなデータを書き出したいとします． > aaa [,1] [,2] [,3] [1,] 0.1 0.2 0.3 [2,] 0.4 0.5 0.6 [3,] 0.7 0.8 0.9 >write.table だと，余計なラベルが加わってしまいますが， # write.table(aaa, "test1.txt", quote = FALSE) を実行 V1 V2 V3 1 0.1…
以下のようなデータを読み込みたいとします． # test.txt X1 X2 X3 X4 1 0.3 0.2 0.2 0.4 2 0.5 0.1 0.2 0.2 3 0.1 0.3 0.2 0.1write.table で書きだしたときのような形式ですね． read.table だと，list型で読み込まれてしまいますが， > x <- read.table("…
ベクトル，行列，配列中に含まれる特定の成分の添字を取得したいときは，which を使用します． > aaa <- 0:9 > bbb <- rep(0:4, 2) > > which(aaa == 2) [1] 3 > > which(bbb == 2) [1] 3 8 > > which(bbb == 2)[1] [1] 3 >こんなふうに． - 参考 なるほど機…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
[1] より，GISの原理と構造，データ，機能に関して覚え書き． ■ベクターとラスター ふたつのデータ形式がある．ベクター形式の場合，データは座標値として記録される．ラスター形式の場合，データはピクセルの集合として記録される． ベクター形式には，正確…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
けっこう前（5月中旬くらい）だけど，とある先生方とお話をする機会があり，その覚え書きがでてきたので忘れないようにメモ．■先人たちの積み重ねがあって，恵まれた研究環境にある． （2万年くらいの人類史しかない日本列島で，Neanderthal や Australopith…
日本における自然人類学の歴史について，個人的な覚え書きです． ストーリーの構成や内容は [1] を参考にしています． （よくまとまった読み応えのある本ですので，機会があればぜひご覧になってみてください．） 間違いや誤植などあるかもしれませんので，…
Rで，グラフの余白を調整したいときに使うパラメータについて． 以下の3つをとりあえずおさえておけば，ひとつの画像ファイルに一枚のグラフを出力する操作であれば，かなり自由に調整が可能だと思う． 1. omd （par() を使って変更） グラフ用ウィンドウの…
paste関数を使用して作成した文字列に，値を代入する方法です．ふつうに代入しようとしてもエラーになりますが， > paste("who", "are", "you", sep = "") <- 31 以下にエラー paste("who", "are", "you", sep = "") <- 31 : 付値対象は非言語オブジェクトに…
applyファミリーの関数（applyとかmapplyとか）を使えば，forを使わないで，ベクターやデータフレームの行や列の要素ごとに関数を適用できる．では，データフレームにサブセットがあって，サブセットそれぞれの行や列の要素ごとに関数を適用したいときはどう…
特殊な文字列をグラフに出力する際には，expression 関数が使える． 軸ラベルやtextの文字列として出力したい時には，例えば以下のようにする． plot(…, xlab = expression(paste(delta^{13}, "C (‰)")) delta はギリシャ文字のδを出す記号（大文字で書けば…
